Sekretariat bo organiziran pri Inštitutu DCAF Ljubljana, ki ga je na podlagi dogovora z Ministrstvom za notranje zadeve RS pred nedavnim ustanovil ženevski Center za demokratični nadzor nad oboroženimi silami (DCAF). Sekretariat bo predvidoma začel s svojim delovanjem 1. 9. 2008.

Ministri držav podpisnic so izrazili svoje zadovoljstvo, da bo sedež sekretariata ravno v Ljubljani, saj Slovenija zaradi svojih dosežkov (članstvo v EU, vstop v schengensko območje, dobri rezultati na področju notranjih zadev v času slovenskega predsedovanja Svetu EU) pri državah podpisnicah Konvencije uživa zelo visok ugled.

Konvencija o policijskem sodelovanju v JV Evropi je bila podpisana 5. 5. 2006, ki so jo ratificirale vse države. S to konvencijo so Albanija, Bosna in Hercegovina, Črna Gora, Makedonija, Moldavija, Romunija in Srbija vzpostavile sodobne, evropsko povsem primerljive oblike čezmejnega policijskega sodelovanja.

Ker podpis in ratifikacija konvencije še ne pomenita bistvenega napredka, so ministri držav članic sprejeli program dela za čimprejšnjo implementacijo Konvencije. Med ostalim so ministri izrazili prepričanje, da bo vzpostavitev sekretariata Konvencije bistvenega pomena za napredek in razvoj držav članic, da bodo Konvencijo čim prej v celoti implementirale.